Dra. Mireia Ramos

Soy investigadora postdoctoral en el laboratorio de Endocrine Regulatory Genomics, liderado por el Dr. L. Pasquali (MELIS-UPF). Mi background combina conocimientos en el campo de la biomedicina y de la biología computacional, lo que me ha permitido especializarme en el uso y desarrollo de la bioinformática para analizar y entender los mecanismos epigenéticos que regulan la expresión génica. 

Mi carrera científica se ha centrado en entender los mecanismos moleculares de la diabetes tipo 1 (DT1) desde el punto de vista de las células β del páncreas. Mi tesis se enfocó en contestar la siguiente pregunta: ¿Las células β están involucradas en la patofisiología de la DT1? Demostramos que variantes asociadas a riesgo de DT1, localizadas en elementos reguladores de las células β que se activan en respuesta a un ambiente pro-inflamatorio, afectan a su capacidad de activar sus genes diana. Esto representa un cambio de paradigma en la forma de entender la DT1, ya que demuestra que las células β tienen un papel activo en el desarrollo de la enfermedad. Este trabajo ha sido premiado como Mejor Artículo Científico por un Estudiante de Doctorado y con un Premio Extraordinario de Doctorado. 

También estoy comprometida con compartir de forma pública y abierta los resultados generados por mi investigación, tanto en forma de paquetes de software (UMI4Cats), como creando plataformas web para facilitar el acceso a científicos no expertos en bioinformática (Islet Regulome Browser). También he impartido varias asignaturas en la universidad y he realizado talleres a diferentes niveles. Hace 6 años que organizo el capítulo de Barcelona de una organización global llamada R-Ladies, comprometida con promover el papel de la mujer en el mundo de la programación en R. 

En el futuro, aspiro a convertirme en una figura clave en el campo de la DT1 y enfocar mi investigación a responder preguntas esenciales sobre el papel de las células β y sus elementos reguladores en el desarrollo de esta patología.

Ramos Rodríguez, M – Entender la heterogeneidad de las células β para curar la diabetes tipo 1 4 3) CURRICULUM VITAE 

a) Experiencia

Investigadora Postdoctoral (Noviembre 2020 — Presente) 

Departamento de Medicina y Ciencias de la Vida (MELIS-UPF, Barcelona) 

Investigadora Predoctoral (Diciembre 2015 — Noviembre 2020) 

Departamento de Endocrinología (IGTP, Badalona). 

Becaria Maths4Life (Julio 2015 — Septiembre 2015) 

Unidad de Bioestadística y Bioinformática (IRB, Barcelona)

b) Formación

Doctorado en Biomedicina esp. Bioinformática (Octubre 2016 — Noviembre 2020) Universitat de Barcelona (Barcelona, España) 

Máster en Bioinformática (Octubre 2014 — Septiembre 2015) 

Universidad de Murcia (Murcia, España) 

Grado en Ciencias Biomédicas (Septiembre 2010 — Julio 2014) 

Universitat Autònoma de Barcelona (Barcelona, España) 

c) Software y Aplicaciones

UMI4Cats (Paquete de R) 

Bioconductor (bioconductor.org/packages/release/bioc/html/UMI4Cats.html) 

Paquete de R para el procesado, análisis y visualización de experimentos de cromatina 3D (UMI-4C). 

Islet Regulome Browser (Aplicación Web). 

isletregulome.org 

Herramienta de visualización que permite el acceso interactivo a datos genómicos de islotes pancreáticos. 

d) Dirección de tesis

Georgina Fuentes Paez (Octubre 2022 — Presente) 

e) Docencia

Universidad: 

Genética Básica a 2º de Grados en Medicina y Biología Humana (2021 — Presente) Universitat Pompeu Fabra (Barcelona, España) 

Fundamentos de Biología Computacional a 1º de Grado en Biología Humana (2021 — 2022) Universitat Pompeu Fabra (Barcelona, España) 

Otros: 

Writing your PhD thesis using R and {bookdown} (18 de marzo 2021) 

Taller (R-Ladies Barcelona) [Materiales] 

Graphic Wizardry with Inkscape (30 de enero de 2020) 

Taller (Can Ruti PhD Committee) [Materiales]

Ramos Rodríguez, M – Entender la heterogeneidad de las células β para curar la diabetes tipo 1 5 

Improve your plots with ggplot2 (14 de octubre de 2019) 

Taller (R-Ladies Barcelona) [Materiales] 

Analyzing ChIP-seq data (13-15 de marzo de 2019) 

Taller de Bioinformática “Introduction to NGS Data Analysis” (EPICHEMBIO) [Materiales] f) Méritos y premios 

Premio Extraordinario de Doctorado de la Facultad de Biología (2022) 

Universitat de Barcelona (Barcelona, España) 

Premio al Mejor Artículo Científico de Investigación en Ciencias de la Salud elaborado por un Investigador Predoctoral (2020) 

ICS (Cataluña, España) 

Excellent Poster Presentation (2018) 

Spetses Summer School on Chromatin and Metabolism (ChroMe, Spetses, Grecia) 

Ayudas para la contratación de personal investigador novel (FI) (2017) 

AGAUR (Cataluña, España) 

g) Otras actividades

Organizadora (2017 — Presente) 

R-Ladies Barcelona (Barcelona, España) 

Presidenta/Miembro (2018 — 2020) 

Can Ruti PhD Committee (Badalona, España)

h) Publicaciones

Fontcuberta-PiSunyer, M., García-Alamán, A., Prades, È., Téllez, N., Alves-Figueiredo, H., Ramos-Rodríguez, M., Enrich, C., Fernandez-Ruiz, R., Cervantes, S., Clua, L., Ramón-Azcón, J., Broca, C., Wojtusciszyn, A., Montserrat, N., Pasquali, L., Novials, A., Servitja, J.-M., Vidal, J., Gomis, R., & Gasa, R. (2023). Direct reprogramming of human fibroblasts into insulin-producing cells using transcription factors. En Communications Biology (Vol. 6, Issue 1). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1038/s42003-023-04627-2 

Arroyo, N., Villamayor, L., Díaz, I., Carmona, R., Ramos-Rodríguez, M., Muñoz-Chápuli, R., Pasquali, L., Toscano, M. G., Martín, F., Cano, D. A., & Rojas, A. (2021). GATA4 induces liver fibrosis regression by deactivating hepatic stellate cells. En JCI Insight (Vol. 6, Issue 23). American Society for Clinical Investigation. https://doi.org/10.1172/jci.insight.150059 

Ramos-Rodríguez, M., Subirana-Granés, M., & Pasquali, L. (2021). UMI4Cats: an R package to analyze chromatin contact profiles obtained by UMI-4C. En P. Robinson (Ed.), Bioinformatics (Vol. 37, Issue 22, pp. 4240-4242). Oxford University Press (OUP). https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab392 

Ramos-Rodríguez, M., Pérez-González, B., & Pasquali, L. (2021). The β-Cell Genomic Landscape in T1D: Implications for Disease Pathogenesis. En Current Diabetes Reports (Vol. 21, Issue 1). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1007/s11892-020-01370-4 

Colli, M. L., Ramos-Rodríguez, M., Nakayasu, E. S., Alvelos, M. I., Lopes, M., Hill, J. L. E., Turatsinze, J.-V., Coomans de Brachène, A., Russell, M. A., Raurell-Vila, H., Castela, A., Juan-Mateu, J., Webb-Robertson, B.-J. M., Krogvold, L., Dahl-Jorgensen, K., Marselli, L., Marchetti, P., Richardson, S. J., Morgan, N. G., … Eizirik, D. L. (2020). An integrated multi-omics approach identifies the landscape

Ramos Rodríguez, M – Entender la heterogeneidad de las células β para curar la diabetes tipo 1 6 

of interferon-α-mediated responses of human pancreatic beta cells. En Nature Communications (Vol. 11, Issue 1). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16327-0 

Ramos-Rodríguez, M., Raurell-Vila, H., Colli, M. L., Alvelos, M. I., Subirana-Granés, M., Juan-Mateu, J., Norris, R., Turatsinze, J.-V., Nakayasu, E. S., Webb-Robertson, B.-J. M., Inshaw, J. R. J., Marchetti, P., Piemonti, L., Esteller, M., Todd, J. A., Metz, T. O., Eizirik, D. L., & Pasquali, L. (2019). The impact of proinflammatory cytokines on the β-cell regulatory landscape provides insights into the genetics of type 1 diabetes. En Nature Genetics (Vol. 51, Issue 11, pp. 1588-1595). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1038/s41588-019-0524-6 

Miguel-Escalada, I., Bonàs-Guarch, S., Cebola, I., Ponsa-Cobas, J., Mendieta-Esteban, J., Atla, G., Javierre, B. M., Rolando, D. M. Y., Farabella, I., Morgan, C. C., García-Hurtado, J., Beucher, A., Morán, I., Pasquali, L., Ramos-Rodríguez, M., Appel, E. V. R., Linneberg, A., Gjesing, A. P., Witte, D. R., … Ferrer, J. (2019). Human pancreatic islet three-dimensional chromatin architecture provides insights into the genetics of type 2 diabetes. En Nature Genetics (Vol. 51, Issue 7, pp. 1137-1148). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1038/s41588-019-0457-0 

Kameswaran, V., Golson, M. L., Ramos-Rodríguez, M., Ou, K., Wang, Y. J., Zhang, J., Pasquali, L., & Kaestner, K. H. (2018). The Dysregulation of the DLK1-MEG3 Locus in Islets From Patients With Type 2 Diabetes Is Mimicked by Targeted Epimutation of Its Promoter With TALE-DNMT Constructs. En Diabetes (Vol. 67, Issue 9, pp. 1807-1815). American Diabetes Association. 

https://doi.org/10.2337/db17-0682 

Raurell-Vila, H., Ramos-Rodríguez, M., & Pasquali, L. (2018). Assay for Transposase Accessible Chromatin (ATAC-Seq) to Chart the Open Chromatin Landscape of Human Pancreatic Islets. En Methods in Molecular Biology (pp. 197-208). Springer New York. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7768-0_11 

Mularoni, L., Ramos-Rodríguez, M., & Pasquali, L. (2017). The Pancreatic Islet Regulome Browser. En Frontiers in Genetics (Vol. 8). Frontiers Media SA. 

https://doi.org/10.3389/fgene.2017.00013 

i) Presentaciones en congresos nacionales e internacionales

Presentación oral: 

Non-coding regulatory functions in β-cell-derived neuroendocrine tumors 

XII Jornada de Cromatina i Epigenètica (Marzo 2022; Barcelona, España) 

The impact of pro-inflammatory cytokines on the regulatory landscape of pancreatic beta-cells 

Spetses Summer School on Chromatin and Metabolism (Agosto, 2018; Spetses, Grecia) 

The impact of pro-inflammatory cytokines on the regulatory landscape of pancreatic beta-cells 

VII Jornades de Cromatina i Epigenètica (Marzo 2017; Barcelona, España) 

Xarxes reguladores en cis i la diabetis tipus 1 

Associació Catalana de Diabetis 2017 (Marzo 2017; Barcelona, España) 

Póster: 

Non-coding regulatory functions in β-cell-derived neuroendocrine tumors 

IX Jornada de Bioinformàtica i Genòmica (Diciembre 2021; Barcelona, España) 

Non-coding regulatory functions in β-cell-derived neuroendocrine tumors 

Enhanceropathies (Octubre 2021; Santander, España) 

UMI4Cats: an R Package for analyzing UMI-4C contact data

Ramos Rodríguez, M – Entender la heterogeneidad de las células β para curar la diabetes tipo 1 7 European Bioconductor Meeting (Diciembre 2019; Bruselas, Bélgica) 

The Islet Regulome Browser 

3rd Joint EASD Islet Study Group and Beta-Cell Workshop (Abril 2019; Oxford, RU) 

The impact of pro-inflammatory cytokines on the beta-cell regulatory landscape provides new insights into the genetics of type diabetes 

3rd Joint EASD Islet Study Group and Beta-Cell Workshop (Abril 2019; Oxford, RU) 

The impact of pro-inflammatory cytokines on the regulatory landscape of pancreatic beta-cells 

Spetses Summer School on Chromatin and Metabolism (Agosto, 2018; Spetses, Grecia)

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 4) TRABAJOS MÁS REPRESENTATIVOS 

1 Ramos-Rodríguez, M., Raurell-Vila, H., Colli, M. L., Alvelos, M. I., Subirana-Granés, M., Juan-Mateu, J., Norris, R., Turatsinze, J.-V., Nakayasu, E. S., Webb-Robertson, B.-J. M., Inshaw, J. R. J., Marchetti, P., Piemonti, L., Esteller, M., Todd, J. A., Metz, T. O., Eizirik, D. L., & Pasquali, L. (2019). The impact of proinflammatory cytokines on the β-cell regulatory landscape provides insights into the genetics of type 1 diabetes. En Nature Genetics (Vol. 51, Issue 11, pp. 1588-1595). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1038/s41588-019-0524-6 

2 Colli, M. L., Ramos-Rodríguez, M., Nakayasu, E. S., Alvelos, M. I., Lopes, M., Hill, J. L. E., Turatsinze, J.-V., Coomans de Brachène, A., Russell, M. A., Raurell-Vila, H., Castela, A., Juan-Mateu, J., Webb-Robertson, B.-J. M., Krogvold, L., Dahl-Jorgensen, K., Marselli, L., 

Marchetti, P., Richardson, S. J., Morgan, N. G., … Eizirik, D. L. (2020). An integrated multi-omics approach identifies the landscape of interferon-α-mediated responses of human pancreatic beta cells. En Nature Communications (Vol. 11, Issue 1). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16327-0 

3 Ramos-Rodríguez, M., Subirana-Granés, M., & Pasquali, L. (2021). UMI4Cats: an R package to analyze chromatin contact profiles obtained by UMI-4C. En P. Robinson (Ed.), Bioinformatics (Vol. 37, Issue 22, pp. 4240-4242). Oxford University Press (OUP). 

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab392 

4 Ramos-Rodríguez, M., Pérez-González, B., & Pasquali, L. (2021). The β-Cell Genomic Landscape in T1D: Implications for Disease Pathogenesis. En Current Diabetes Reports (Vol. 21, Issue 1). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1007/s11892-020-01370-4 

5 Fontcuberta-PiSunyer, M., García-Alamán, A., Prades, È., Téllez, N., Alves-Figueiredo, H., Ramos-Rodríguez, M., Enrich, C., Fernandez-Ruiz, R., Cervantes, S., Clua, L., Ramón-Azcón, J., Broca, C., Wojtusciszyn, A., Montserrat, N., Pasquali, L., Novials, A., Servitja, J.-M., Vidal, J., Gomis, R., & Gasa, R. (2023). Direct reprogramming of human fibroblasts into insulin-producing cells using transcription factors. En Communications Biology (Vol. 6, Issue 1). Springer Science and Business Media LLC. https://doi.org/10.1038/s42003-023-04627-2

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